Ενώ τα συγκεκριμένα γονίδια που είναι υπεύθυνα για την ετεροχρωμία δεν είναι εντελώς κατανοητά, θεωρείται ότι συνδέεται με την κατανομή της μελανίνης , η χρωστική ουσία που είναι υπεύθυνη για το χρώμα των ματιών, κατά τη διάρκεια της εμβρυϊκής ανάπτυξης.
Είναι σημαντικό να σημειωθεί ότι η ετεροχρωμία είναι μια κανονική παραλλαγή και όχι ανησυχία για την υγεία. Δεν επηρεάζει το όραμα της γάτας ή τη συνολική υγεία.