Ωστόσο, μπορούμε να πούμε ότι Οι πρώιμοι γνωστοί πρόγονοι φαλαινών ζούσαν πριν από περίπου 50 εκατομμύρια χρόνια , κατά τη διάρκεια της εποχής Eocene. Αυτά τα πλάσματα, όπως το pakicetus και indohyus , ήταν μικρά, τετράποδα θηλαστικά που ζούσαν σε περιβάλλοντα γλυκού νερού. Είχαν κάποια χαρακτηριστικά που αργότερα θα γίνουν χαρακτηριστικά των φαλαινών, όπως ένα παχύ κρανίο και μια μεγάλη ουρά.
Πάνω από εκατομμύρια χρόνια, αυτοί οι πρόγονοι εξελίχθηκαν σταδιακά, αναπτύσσοντας προσαρμογές για έναν υδάτινο τρόπο ζωής. πριν από περίπου 40 εκατομμύρια χρόνια , πλάσματα όπως ambulocetus και rodhocetus προέκυψε. Ήταν ημι-υδάτινο, ξοδεύοντας χρόνο τόσο στη γη όσο και στο νερό, και είχαν αναπτύξει χαρακτηριστικά όπως τα πόδια του webbed και ένα εξορθολογισμένο σώμα.
Τέλος, περίπου πριν από 34 εκατομμύρια χρόνια , πλήρως υδρόβιες φάλαινες όπως Dorudon και kutchicetus εξελίχθηκε. Αυτά τα πλάσματα είχαν χάσει τα οπίσθια άκρα τους, ανέπτυξαν flukes (πτερύγια ουράς) και κατέχουν άλλα χαρακτηριστικά που τους επέτρεψαν να ευδοκιμήσουν στον ωκεανό.
Έτσι, ενώ δεν υπάρχει ένα ενιαίο είδος "πρωτόγονης φάλαινας" που σηματοδοτεί την αρχή της εξέλιξης των φαλαινών, είναι ασφαλές να πούμε ότι η διαδικασία της εξέλιξης των φαλαινών ξεκίνησε περίπου 50 εκατομμύρια χρόνια πριν και συνέχισε εδώ και εκατομμύρια χρόνια, οδηγώντας στο διαφορετικό φάσμα των ειδών φαλαινών που βλέπουμε σήμερα.