Η μεγαλύτερη ευπάθεια του φαλακρού αετού είναι η αποτυχία φωλιάσματος, η οποία μπορεί να συμβεί για διάφορους λόγους, συμπεριλαμβανομένων των ακραίων καιρικών γεγονότων, της θήρευσης από άλλα ζώα, των ασθενειών, των ανθρώπινων διαταραχών και της περιβαλλοντικής μόλυνσης, ιδιαίτερα από τα βαρέα μέταλλα, τα πλαστικά, τα φυτοφάρμακα και άλλα χημικά.