Οι φαλακρές αετοί είναι ετεροτροφές. Αυτό σημαίνει ότι καταναλώνουν άλλους οργανισμούς για ενέργεια και θρεπτικά συστατικά. Οι φαλακρές αετοί είναι σαρκοφάγοι, που σημαίνει ότι τροφοδοτούν κυρίως τα τρόφιμα με βάση τα ζώα. Κυνηγούν άλλα ζώα όπως ψάρια, μικρά θηλαστικά και πουλιά.