Ωστόσο, από την εποχή του Whittaker, οι προόδους στη μοριακή βιολογία και τη γενετική έχουν οδηγήσει σε μια βαθύτερη κατανόηση των εξελικτικών σχέσεων μεταξύ των οργανισμών. Ως αποτέλεσμα, ορισμένοι βιολόγοι υποστηρίζουν ότι το σύστημα πέντε βασιλικών είναι υπερβολικά απλοϊκή και δεν αντικατοπτρίζει με ακρίβεια την ποικιλομορφία και την πολυπλοκότητα της ζωής στη γη.
Μία από τις κύριες επικρίσεις του συστήματος πέντε βασιλικών είναι ότι βασίζεται κυρίως σε μορφολογικά και οικολογικά χαρακτηριστικά και όχι σε εξελικτικές σχέσεις. Αυτό μπορεί να οδηγήσει σε τεχνητές ομάδες οργανισμών που δεν είναι στενά συνδεδεμένες. Για παράδειγμα, το βασίλειο Protista είναι μια κατηγορία catch-all που περιλαμβάνει μια μεγάλη ποικιλία οργανισμών που δεν μοιράζονται έναν κοινό πρόγονο.
Μια άλλη κριτική για το σύστημα πέντε βασιλικών είναι ότι είναι πολύ άκαμπτη. Δεν επιτρέπει την εύκολη στέγαση νέων ανακαλύψεων και δεν αντικατοπτρίζει τη δυναμική φύση των εξελικτικών σχέσεων.
Ως εναλλακτική λύση στο σύστημα πέντε βασιλικών, ορισμένοι βιολόγοι προτείνουν χρησιμοποιώντας ένα πιο ευέλικτο σύστημα ταξινόμησης που βασίζεται σε εξελικτικές σχέσεις. Αυτή η προσέγγιση, γνωστή ως φυλογενετική συστηματική, χρησιμοποιεί μοριακά δεδομένα για την κατασκευή φυλογενετικών δέντρων που δείχνουν τις εξελικτικές σχέσεις μεταξύ των οργανισμών. Τα φυλογενετικά δέντρα μπορούν να χρησιμοποιηθούν για τον εντοπισμό μονοφυλετικών ομάδων, οι οποίες είναι ομάδες που περιλαμβάνουν έναν κοινό πρόγονο και όλους τους απογόνους της.
Η χρήση της φυλογενετικής συστηματικής οδήγησε στην αναγνώριση νέων ομάδων οργανισμών και στην αναθεωρημένη κατανόηση των εξελικτικών σχέσεων μεταξύ των ζωντανών οργανισμών. Για παράδειγμα, η ανακάλυψη της Αρχαίας, μιας ομάδας μονοσυτταρικών οργανισμών που διαφέρουν τόσο από τα βακτήρια όσο και από τους ευκαρυώτες, οδήγησαν στην πρόταση ενός συστήματος ταξινόμησης έξι βασιλικών.
Συνοπτικά, ορισμένοι βιολόγοι υποστηρίζουν ότι η έννοια των πέντε βασιλείων είναι ξεπερασμένη και ότι τα πιο πολύπλοκα συστήματα ταξινόμησης είναι απαραίτητες για την καλύτερη κατανόηση της ποικιλομορφίας και της εξέλιξης της ζωής.