Ωστόσο, υπάρχουν μερικά ζώα που μπορούν να αποτελούν απειλή για τους φαλακρούς αετούς, ειδικά για τους νεαρούς αετούς ή εκείνους που τραυματίζονται ή εξασθενούν:
* μεγαλύτερα θηλαστικά: Οι αρκούδες, οι λύκοι και οι μεγάλες γάτες, όπως οι κουγκάρες, θα μπορούσαν ενδεχομένως να λεηλατούν νέους ή ευάλωτους αετούς.
* Άλλοι Raptors: Οι Χρυσοί Αετοί είναι ο μόνος γνωστός Raptor που είναι τακτικά θύμα στους φαλακρούς αετούς.
* Άνθρωποι: Αν και δεν είναι φυσικό αρπακτικό, οι ανθρώπινες δραστηριότητες όπως η απώλεια οικοτόπων, η ρύπανση και το κυνήγι (στο παρελθόν) έχουν επηρεάσει αρνητικά τους φαλακρούς πληθυσμούς αετών.
Είναι σημαντικό να σημειωθεί ότι αυτές οι αλληλεπιδράσεις είναι σχετικά σπάνιες και οι φαλακρές αετοί γενικά δεν θεωρούνται ότι είναι ζώα θήρας. Είναι πιο πιθανό να είναι οι ίδιοι το Predator, με μια δίαιτα που αποτελείται από ψάρια, μικρά θηλαστικά και άλλα πουλιά.