Δεν μπορείτε να καθορίσετε αξιόπιστα το φύλο των φαλακρών αετών που βασίζονται σε φυσικά χαρακτηριστικά, όπως το μέγεθος ή η εμφάνιση, εκτός εάν συγκρίνετε δύο άτομα δίπλα -δίπλα:τα θηλυκά τείνουν να είναι ελαφρώς μεγαλύτερα από τα αρσενικά. Εκτός από αυτό, τόσο οι ενήλικες γυναίκες όσο και οι αρσενικοί φαλακρές αετοί έχουν παρόμοιο μέγεθος, χρωματισμό, σημάνσεις και φωνητικές ενέργειες.
Ένας τρόπος για να προσδιοριστεί με ακρίβεια το φύλο ενός φαλακρού αετού είναι μέσω γενετικών δοκιμών ή μοριακής σεξουαλικής σεξουαλικής επαφής, που περιλαμβάνει την ανάλυση του DNA του πουλιού για τον εντοπισμό συγκεκριμένων γενετικών δεικτών που διαφοροποιούν τα αρσενικά και τα θηλυκά.