Μεταξύ των πτηνών που προκαλούν απειλή για τους φαλακρούς αετούς είναι οι Χρυσοί Αετοί, οι Μεγάλες Κουκουβάγιες, οι Βόρειοι Goshawks και τα γεράκια με κόκκινα ουρά. Αυτοί οι θηρευτές μπορούν να επιτεθούν και να σκοτώσουν φαλακρούς αετούς για φαγητό ή να υπερασπιστούν τα δικά τους εδάφη.
Όσον αφορά τα μεγάλα σαρκοφάγα θηλαστικά, οι φαλακρές αετοί μπορούν να αντιμετωπίσουν απειλές από αρκούδες, λύκους, κογιότ και λιοντάρια. Αυτοί οι θηρευτές μπορούν να στοχεύσουν φαλακρά αυγά αετού, νεοσσοί ή ακόμα και ενήλικες αετούς εάν βρουν μια ευκαιρία.
Επιπλέον, ορισμένα ερπετά, όπως τα μεγάλα φίδια και οι αλλιγάτορες, μπορεί να λεηλατούν τα φαλακρά αυγά αετών και τους νεαρούς νεοσσούς, αν οι φωλιές τους είναι ευάλωτες και βρίσκονται κοντά σε υδάτινα σώματα ή βαλλώδεις περιοχές.
Ωστόσο, αξίζει να σημειωθεί ότι οι δραστηριότητες που σχετίζονται με τον άνθρωπο, συμπεριλαμβανομένης της καταστροφής των οικοτόπων, του κυνηγιού και της ρύπανσης, αποτελούν σημαντικές απειλές για τους φαλακρούς αετούς και άλλες άγρια ζώα. Οι προσπάθειες διατήρησης και οι νομικές προστασίες είναι ζωτικής σημασίας για τη διατήρηση των πληθυσμών του φαλακρού αετού και την άμβλυνση αυτών των απειλών που προκαλούνται από τον άνθρωπο.