Ο Φιλιππινέζος αετός, όπως όλα τα άλλα πουλιά, έχει πνεύμονες ως αναπνευστικά/αναπνευστικά όργανα τους. Η διαδικασία αναπνοής τους περιλαμβάνει την ανταλλαγή οξυγόνου και διοξειδίου του άνθρακα μεταξύ του ατμοσφαιρικού αέρα του πλούσιου στο οξυγόνο και της κυκλοφορίας του αετού. Τα αναπνευστικά συστήματα των πτηνών είναι εξαιρετικά αποδοτικά και προσαρμοσμένα για τον ενεργό τρόπο ζωής τους και τις απαιτήσεις της πτήσης.