Ενώ οι φαλακρές αετοί είναι συνήθως αρπακτικοί αρπακτικοί (στην κορυφή της τροφικής αλυσίδας), μπορούν να θρυμματίζονται από άλλα ζώα, συμπεριλαμβανομένων άλλων αρπακτικών πουλιών, όπως η μεγάλη κουκουβάγια, η οποία μπορεί να επιτεθεί στους φαλακρούς αετούς στις φωλιές τους. Οι αρκούδες και οι λύκοι μπορεί επίσης να σκοτώσουν και να τρώνε φαλακρούς αετούς. Σε ορισμένες περιπτώσεις, οι άνθρωποι μπορούν επίσης να αποτελούν απειλή για τους φαλακρούς αετούς, μέσω της καταστροφής κυνηγιού ή οικοτόπων.